一、两者的法律依据不同。
免予刑事处罚所依据的是《刑法》三十七条的规定，而无罪判决所依据的是《刑事诉讼法》第一百六十二条的规定。一个是实体法，一个为程序法。
二、两者的适用条件不同。
三、两者的法律后果不同。
免于刑事处罚，是有罪而免罚，仍然构成刑事犯罪。而无罪判决的法律后果是：当嫌疑人被羁押的，应当立即释放。
【法律依据】
根据《刑法》第三十七条，对于犯罪情节轻微不需要判处刑罚的，可以免予刑事处罚，但是可以根据案件的不同情况，予以训诫或者责令具结悔过、赔礼道歉、赔偿损失，或者由主管部门予以行政处罚或者行政处分。