1、首先双方可以协商解决。决定由哪一方继续居住廉租房，并对另一方给予一定的补偿。对于双方协商的，没有任何强制性的规定，只要是你情我愿的事情，都是可以的。但是不能违反法律的强制性规定。
2、对于双方不能达成一致意见的，可以选择去法院起诉分配廉租房。此时的分配并不是指房子归谁，只是判决由谁继续居住廉租房，另一方搬出廉租房。在这里，由哪方继续居住廉租房要法官根据实际情况来进行分析处理。并不是说谁申请的廉租房，谁就有继续居住的权利。也就是说，一家之主申请廉租房是由政策规定的，但是离婚时并不是由户主直接占有廉租房，其他人，只要是法院判决继续居住的，也可以继续居住廉租房。当然，法院如何判决由哪方继续居住廉租房具体要看家庭成员的实际情况，如，收入水平、身体状况、有无抚养子女、政策规定等等情况，总之，具体情况具体分析。