民政局协议离婚与法院调解协议离婚的不同：

一、民政局协议离婚优点是比较方便，只要双方达成一致意见即可随时领取离婚证。而在法院达成调解协议则程序较繁琐。

二、民政局协议离婚经济成本低。而法院调解离婚，无夫妻共同财产分割的，五十元，涉及财产分割的，需按照财产标的收费。

【法律依据】

《婚姻法》第三十一条，自愿离婚，男女双方自愿离婚的，准予离婚。双方必须到婚姻登记机关申请离婚。婚姻登记机关查明双方确实是自愿并对子女和财产问题已有适当处理时，发给离婚证。