商业秘密司法鉴定的问题有：

(一)关于鉴定机关的资质问题；

(二)关于当事人的举证责任问题；

(三)关于出版物公开和秘密性的关系问题。

【法律依据】《司法鉴定程序通则》第2条规定：司法鉴定机构接受鉴定委托，应当要求委托人出具鉴定委托书；

提供委托人的身份证明，并提供委托鉴定事项所需的鉴定材料。委托人委托他人代理的，应当要求出具委托书。