股权转让出资证明书处理是，根据《公司法》规定，公司应当注销原股东的出资证明书，向新股东签发出资证明书。股权转让出资证明书是表现有限责任公司股东地位或者股东权益的一种要式证券。
根据《合同法》第四十四条，股权转让合同自成立时生效。但股权转让合同的生效并不等同于股权转让生效。股权转让合同的生效是指对合同当事人产生法律约束力的问题，股权转让的生效是指股权何时发生转移。