如果夫妻分居三年，女方不同意离婚，男方可以通过诉讼的方式请求解除婚姻关系。以下是对这一问题的详细解答：

一、诉讼离婚的依据

根据《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条的规定，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件时，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。其中，因感情不和分居满二年是感情破裂的一种情形，经调解无效后，法院应当准予离婚。

二、诉讼离婚的准备

收集证据：男方需要收集能够证明分居三年的证据，如分居协议、证人证言、聊天记录、租房合同、居委会证明等，以证实夫妻感情确已破裂。

确定管辖法院：根据双方户口和居住情况，确定具有管辖权的法院，并向该法院提起离婚诉讼。

提交诉讼材料：包括起诉状、身份证、结婚证以及上述收集到的证据材料等。

三、诉讼离婚的过程

法院调解：法院在受理案件后，会进行调解工作，尝试促使双方达成和解。如果调解无效，且法院认定夫妻感情确已破裂，则会作出准予离婚的判决。

审理期限：离婚案件的审理期限因案件复杂程度和法院工作安排而异。简易程序审理期限约为三个月，普通程序则为六个月。但具体审理时间还需结合案件实际情况和法院工作安排来确定。

四、注意事项

诉讼时效：男方在提起诉讼时，需注意诉讼时效的相关规定，确保自己的权益不受损害。

财产分割和子女抚养：在诉讼过程中，除了请求解除婚姻关系外，还需就财产分割、子女抚养等问题与女方进行协商或由法院进行判决。

综上所述，如果夫妻分居三年且女方不同意离婚，男方可以通过诉讼的方式请求解除婚姻关系。在诉讼过程中，男方需收集充分证据、确定管辖法院并提交诉讼材料。同时，还需注意诉讼时效以及财产分割、子女抚养等相关问题。

法律依据

《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条 【诉讼离婚】夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解;如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
(一)重婚或者与他人同居;
(二)实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员;
(三)有赌博、吸毒等恶习屡教不改;
(四)因感情不和分居满二年;
(五)其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。

《《婚姻登记条例》》第十三条 婚姻登记机关应当对离婚登记当事人出具的证件、证明材料进行审查并询问相关情况。对当事人确属自愿离婚，并已对子女抚养、财产、债务等问题达成一致处理意见的，应当当场予以登记，发给离婚证。