根据我国刑事诉讼法的规定和实践情况，刑事案件证据不足时，检察院通常不会提起公诉。具体处理规则如下：
一、基本原则：证据不足应不起诉法定起诉标准
根据《刑事诉讼法》第176条，检察院提起公诉必须满足“犯罪事实清楚，证据确实、充分”的条件。若现有证据无法形成完整链条、无法排除合理怀疑，或关键证据存在瑕疵，检察院不得起诉。
补充侦查程序
依据《刑事诉讼法》第175条，检察院可将案件退回公安机关补充侦查或自行补充侦查，但退回补充侦查以两次为限。
若两次补充侦查后仍证据不足，检察院应当作出证据不足不起诉决定（存疑不起诉），体现“疑罪从无”原则，避免错误追诉。
二、例外情形及实践考量特殊案件的社会影响
对于社会关注度高、影响重大的案件，检察院可能综合案件性质、社会效果等因素审慎处理。但即使起诉，若法院审理时仍证据不足，将依法判决无罪。
后续新证据的处理
即使作出存疑不起诉决定，若后续发现新的证据足以证明犯罪事实，检察院仍可重新提起公诉。
三、典型案例启示在司法实践中，若证据存在明显矛盾或无法关联案件事实（如案例中车牌号与实际不符且无关联证据），检察院或法院将严格遵循证据规则，可能直接驳回起诉或判决无罪。
结论：
一般情况下，刑事案件证据不足时检察院不会起诉，而是依法作出不起诉决定；仅在极少数特殊情况下可能权衡起诉，但因证据不足最终难以定罪。
法律依据
《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十六条 人民检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，按照审判管辖的规定，向人民法院提起公诉，并将案卷材料、证据移送人民法院。
犯罪嫌疑人认罪认罚的，人民检察院应当就主刑、附加刑、是否适用缓刑等提出量刑建议，并随案移送认罪认罚具结书等材料。
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