在审判实践中，处理违章建筑索赔纠纷，应当坚持实事求是的原则，从对具体案件本身的具体分析出发，根据不同的情况，分别采取不同的方法，应当予以综合考量的主要因素有：
(一)应当根据违章建筑本身的违法程度来具体加以确定。
在现实生活中，违章建筑的违法程度各不相同：
有的可能程度严重，有的可能程度轻微。
在处理时，应当根据不同情况，分别作出处理：
如果毁损的违章建筑，属于虽然“影响城市规划，尚可采取改正措施”的情况，只是没有办理有关的批准手续，且在诉讼过程中已经办理了批准手续的，则原则上应当按照毁损合法建筑的办法，对擅自拆除行为造成的全部损失，予以全部赔偿。
如果毁损的违章建筑，严重影响城市规划，有关部门没有作出限期拆除的处理，或者限期拆除的期限没有到来，则实质上是擅自拆除行为剥夺了违章建筑业主对违章建筑的能够转移部分的合法转移权，则原则上应当赔偿由擅自拆除行为而扩大的损失，主要表现为由于擅自拆除行为而侵害了业主在限定期限内的合法转移权而造成的实际损失。
如果毁损的违章建筑，严重影响城市规划，有关部门已经作出了限期拆除，并且已经到期，则不存在剥夺了违章建筑业主对违章建筑的合法转移权的问题，业主不在规定的期限内拆除，应当认定为对合法转移权的放弃，故擅自拆除的行为人不应当再作赔偿。
(二)应当根据毁损行为的法律性质来具体加以确定。
在实践中，同样是毁损违章建筑的行为，其性质可能有所不同：
有的可能是有合法理由的合法行为，有的可能是没有合法理由的非法行为。
如果毁损行为具有合法的理由，虽然造成了实际损失，也不应当由行为人予以赔偿，而应当由违章建筑的业主对损失自行承担。
如：
在擅自建设行为影响了交通、消防、市政设施、房屋维修、绿地、环境保护、防灾和相邻方的居住条件时，擅自拆除行带有排除妨害行为的性质，不应当承担赔偿责任。
如果毁损行为没有合法的理由，给业主造成了损失，则应当由行为人赔偿侵害合法转移权而实际造成的损失，而不是违章建筑的全部损失。
(三)应当根据毁损行为人的过错程度来具体加以确定。
对违章建筑的认定和处理，是行政主管部门的职责和权限。
其他任何公民、法人，都没有这种职责和权力，都不能以违章建筑不合法为由，故意进行毁损。
故意毁损违章建筑的行为，有其制止擅自建设违法行为的积极的一面；
也有本身违法的消极的一面。

法律依据

《中华人民共和国建筑法》第六十四条 违反本法规定，未取得施工许可证或者开工报告未经批准擅自施工的，责令改正，对不符合开工条件的责令停止施工，可以处以罚款。