发生土地确权纠纷时，当事人可以通过以下方式进行处理：
1、发生纠纷的双方当事人可以就纠纷事项进行协商，以达成一致；
2、如果双方协商不成的，可以申请当地人民政府处理，由人民法院作出处理决定；
3、当事人对人民政府作出的处理决定不服的，可以在收到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院提起诉讼。
法律依据
《中华人民共和国土地管理法》第十四条 土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决;协商不成的，由人民政府处理。
单位之间的争议，由县级以上人民政府处理;个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
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