部队申请离婚的程序：
1、夫妻双方都是现役军人的；
(1)由当事人所在单位领导或政治机关应当进行调解；
(2)调解无效，并符合《民法典》规定的离婚条件的，由政治机关出具证明后，方可到婚姻登记机关申请离婚或向法院提出离婚诉讼。
也就是说，在夫妻都是现役军人的情况下，自愿离婚或一方要求离婚，都必须首先进行军内调解，在拿到相关证明之后才可以和普通程序一样，去法院协议离婚或者去法院诉讼离婚。
2、夫妻一方是现役军人，军人要求离婚的
(1)军人所在部队政治机关领导应当视情况进行调解，符合《民法典》规定的离婚条件，并经对方同意，政治机关方可出具同意现役军人离婚的证明，双方到地方婚姻登记管理机关进行离婚登记。
(2)如军人一方坚持离婚，对方坚决不同意离婚的，部队可商请对方所在单位或地方有关部门进行调解，调解无效的，政治机关出具调解状况的证明，由当事人向法院提出离婚诉讼。
3、夫妻一方是现役军人，非军人一方要求离婚的
(1)如果军人一方同意离婚的，政治机关可出具证明同意离婚，双方到地方婚姻登记管理机关进行离婚登记。
(2)如果军人一方不同意离婚，政治机关不得出具证明，但经过政治机关查实军人一方确有重大过错的除外。
此处的“重大过错”主要是指，军人一方有重婚或与他人同居的、实施家庭暴力或虐待、遗弃家庭成员的、有赌博、吸毒等恶习屡教不改的等其他重大过错行为的情况。
法律依据：
《民法典》第一千零八十一条 现役军人的配偶要求离婚，应当征得军人同意，但是军人一方有重大过错的除外。
2022-08-23 15:17
具体的程序是，由当事人所在单位领导或政治机关应当进行调解。调解无效，并符合《婚姻法》规定的离婚条件的，由政治机关出具证明后，方可到婚姻登记机关申请离婚或向法院提出离婚诉讼。
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