1、签订时间不同。
三方协议是学生在校期间签订的，而劳动合同是在毕业生毕业离校后到单位正式报到后签订的。
2、主体不同。
三方协议的主体是三方，即学校、毕业生和用人单位;而劳动合同的主体是两方，即劳动者和用人单位。
3、内容不同。
三方协议的主要内容是毕业生如实介绍自身情况，并表示愿意到用人单位就业、用人单位表示愿意接收毕业生，学校同意推荐毕业生并列入就业方案;而劳动合同是记载劳动者和用人单位的权利和义务，是劳动关系确立的法律凭证。
4、目的不同。
三方协议是毕业生和用人单位关于将来就业意向的初步约定，是编制毕业生就业方案和将来双方订立劳动合同的依据。而劳动合同主要是劳动关系确立后使劳动者和用人单位的合法权益得到应有的保障。
5、适用的法律不同。
三方协议的制定、发生争议后的解决主要依据是《国家关于高校毕业生就业的规定》、《民法》、《合同法》等，而劳动合同的订立以及发生争议后主要是依据《劳动法》和《劳动合同法》来解决。
《中华人民共和国劳动合同法》
第二条  适用范围：中华人民共和国境内的企业、个体经济组织、民办非企业单位等组织(以下称用人单位)与劳动者建立劳动关系，订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，适用本法。
国家机关、事业单位、社会团体和与其建立劳动关系的劳动者，订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，依照本法执行。
第三条  基本原则：订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。
依法订立的劳动合同具有约束力，用人单位与劳动者应当履行劳动合同约定的义务。
《普通高等学校毕业生就业工作暂行规定》
第四条　毕业生就业工作要贯彻统筹安排、合理使用、加强重点、兼顾一般和面向基层，充实生产、科研、教学第一线的方针。在保证国家需要的前提下，贯彻学以致用、人尽其才的原则。国家采取措施，鼓励和指导毕业生到边远地区、艰苦行业和其他国家急需人才的地方去工作。