根据《土地管理法》第六十条的规定，在农村集体土地上建厂房，用地审批程序如下：
1、申请人持有关建设项目批准文件，向县级以上地方人民政府自然资源主管部门提出申请；
2、县级以上地方人民政府自然资源主管部门对建设用地申请进行审查，提出审查意见，报县级以上地方人民政府批准，其中，涉及占用农用地的，应先办理农用地转用审批手续。
可以建厂房的土地有以下三种：
1、耕地等农用地建厂房要办理农用地转用审批手续；
2、宅基地和经营性建设用地可以用来建厂房；
3、未利用地可以用来建厂房。
法律依据
《中华人民共和国土地管理法》第六十条 农村集体经济组织使用乡(镇)土地利用总体规划确定的建设用地兴办企业或者与其他单位、个人以土地使用权入股、联营等形式共同举办企业的，应当持有关批准文件，向县级以上地方人民政府自然资源主管部门提出申请，按照省、自治区、直辖市规定的批准权限，由县级以上地方人民政府批准;其中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。
按照前款规定兴办企业的建设用地，必须严格控制。省、自治区、直辖市可以按照乡镇企业的不同行业和经营规模，分别规定用地标准。
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