员工遗失劳动合同的，可以搜集以下这些证据来证明双方存在劳动关系：（一）工资支付凭证或记录，缴纳各项社会保险费的记录，用人单位向劳动者发放的“工作证”、“服务证”等能够证明身份的证件，考勤记录以及其他劳动者的证言等。

法律依据

《关于确立劳动关系有关事项的通知》第二条 用人单位未与劳动者签订劳动合同，认定双方存在劳动关系时可参照下列凭证：
（一）工资支付凭证或记录（职工工资发放花名册）、缴纳各项社会保险费的记录
（二）用人单位向劳动者发放的“工作证”、“服务证”等能够证明身份的证件；
（三）劳动者填写的用人单位招工招聘“登记表”、“报名表”等招用记录；
（四）考勤记录；
（五）其他劳动者的证言等。
其中，(一)、(三)、(四)项的有关凭证由用人单位负举证责任。