员工自动离职，是指没有申请辞职的情况下没有到单位上班旷工被单位辞退。单位是可以以此扣除员工奖励性待遇，但是工资部分是不能扣除的，如果员工行为造成公司直接经济损失，可以扣员工工资部分抵扣损失。所以到底扣多少是需要根据工作结构以及是否存在损失计算的。根据《工资支付暂行条例》第十六条： 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。

法律依据

《工资支付暂行条例》十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

《工资支付暂行条例》十八条 各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金： （一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的； （二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的； （三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。

《工资支付暂行条例》十九条 劳动者与用人单位因工资支付发生劳动争议的，当事人可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。