1、含义上的区别
用工单位是指在劳务派遣协议中，接受以劳务派遣形式用工的单位。
用人单位是指具有用人权利能力和用人行为能力，运用劳动力组织生产劳动，且向劳动者支付工资等劳动报酬的单位。
2、是否具有劳动关系的区别
用工单位与被派遣劳动者不存在劳动关系，是劳务关系。
用人单位是需要签订劳动合同，与劳动者是存在劳动关系的。
3、在履行义务上的区别
用工单位：执行国家劳动标准，提供相应的劳动条件和劳动保护；告知被派遣劳动者的工作要求和劳动报酬；支付加班费、绩效奖金，提供与工作岗位相关的福利待遇；对在岗被派遣劳动者进行工作岗位所必需的培训；连续用工地，实行正常的工资调整机制。
用人单位：依法告知劳动者劳务派遣协议的内容以及被派遣岗位的工作内容、条件、地点、职业危害等事项的义务；不得扣押劳动者证件和财物的义务；按时足额支付劳动者工资的义务；在与劳动者解除或终止劳动关系后出具解除或终止劳动关系证明，办理档案和社会保险移交手续的义务。

法律依据

《中华人民共和国劳动合同法（2012修订）》第六十二条 【用工单位的义务】用工单位应当履行下列义务：
(一)执行国家劳动标准，提供相应的劳动条件和劳动保护;
(二)告知被派遣劳动者的工作要求和劳动报酬;
(三)支付加班费、绩效奖金，提供与工作岗位相关的福利待遇;
(四)对在岗被派遣劳动者进行工作岗位所必需的培训;
(五)连续用工的，实行正常的工资调整机制。
用工单位不得将被派遣劳动者再派遣到其他用人单位。