分情况：1、劳动合同：人事部；2、租赁合同、采购合同、营运合同：由专门的档案管理员保管（档案管理员可以设在财务或行政部下面）；3、招商合同：招商部或财务部4、与供应商的合同：财务部或档案管理员。如果是专门经营房地产或商业购物中心的公司，可以设立合同部或法务部，由该部门负责招商合同保管。

法律依据

《中华人民共和国劳动合同法（2012修订）》第七十三条 【劳动合同制度的监督管理体制】国务院劳动行政部门负责全国劳动合同制度实施的监督管理。
县级以上地方人民政府劳动行政部门负责本行政区域内劳动合同制度实施的监督管理。
县级以上各级人民政府劳动行政部门在劳动合同制度实施的监督管理工作中，应当听取工会、企业方面代表以及有关行业主管部门的意见。