农村合作社注册登记的主要流程有：

1、成立筹备组。

从供销社机关抽调若干名专门工作人员具体负责筹备事项，撰写了农合联组建方案，并报有关部门征求意见，向市政府分管领导报审。

2、调查摸底。

由供销社牵头，组织农民合作社联合会的会员单位、当地知名农民合作社和农业龙头企业召开座谈会，说明组建农合联的意义，农合联的运作模式，听取意见和建议，征询入股意向。

3、发出倡仪。

向有意向加入农合联的农民合作社及社员单位发出倡仪书，邀请农民合作社和农业企业入社。

4、认缴股金。

有意愿加入农合联的合作社确认入股金额，汇总入社成员数，形成农合联意向性架构。

5、召开筹备会。

召集所有认缴出资的单位召开筹备会，阐明农合联的运作模式，酝酿管理层人选，听取入社成员意见建议。

6、起草章程。

由发起人参照农民合作社示范章程，制定农合联章程草案，章程的主要内容包括名称、住所、业务范围，成员权利和义务等方面。  

7、发展成员。

由加入农合联的单位将认缴的股金按10%比例实际出资，最低1万元股金，按整数倍，单个社员单位不超过总股金的20%。以实际到位资金为依据，确认社员资格名单。3个以上农民专业合作社可发起设立联合社。

8、召开设立大会。

法律依据

《农民专业合作社登记管理条》第四条 工商行政管理部门是农民专业合作社登记机关。国务院工商行政管理部门负责全国的农民专业合作社登记管理工作。 农民专业合作社由所在地的县（市）、区工商行政管理部门登记。 国务院工商行政管理部门可以对规模较大或者跨地区的农民专业合作社的登记管辖做出特别规定。