建设工程施工合同纠纷协议管辖无效。

《民事诉讼法》规定，因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖。

农村土地承包经营合同纠纷、房屋租赁合同纠纷、建设工程施工合同纠纷、政策性房屋买卖合同纠纷，按照不动产纠纷确定管辖。

综上，建设工程合同纠纷适用不动产的专属管辖，协议管辖的无效。

法律依据

《中华人民共和国民事诉讼法（2017修订）》第三十三条 专属管辖
下列案件，由本条规定的人民法院专属管辖：
(一)因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖;
(二)因港口作业中发生纠纷提起的诉讼，由港口所在地人民法院管辖;
(三)因继承遗产纠纷提起的诉讼，由被继承人死亡时住所地或者主要遗产所在地人民法院管辖。