免予刑事处罚和免于起诉的主要区别有：

（1）性质不同：免于刑事处罚是针对的对象是已经构成犯罪，但犯罪情节轻微不需要判处刑罚的人；免于起诉的对象则包括不构成犯罪、指控犯罪证据不足或存疑、犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的人。

（2）作出机关不同：免于刑事处罚由法院作出，免于起诉决定则由检察院作出。

法律依据

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条 人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料;认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。
人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。
对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。
对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。