工程合同未签署的，由当事人协商确定工程款，如果协商不成的，可以向法院起诉，由法院判决。
工程合同诉讼有效期为三年。 向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。 诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
建设工程施工合同被确认为无效后，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：（一）修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持； （二）修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。 因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。
工程合同需要约定保修。 建设工程在保修范围和保修期限内发生质量问题的，施工单位应当履行保修义务，并对造成的损失承担赔偿责任。
工程合同公证一般需要十五个工作日。 公证机构经审查，认为申请提供的证明材料真实、合法、充分，申请公证的事项真实、合法的，应当自受理公证申请之日起十五个工作日内向当事人出具公证书。
工程合同只签补充协议是无效的。 工程建设是需要签订书面合同的，而补充协议只是主合同的补充约定，不能代替主合同，所以只签订补充协议是无效的。
工程合同只盖章没签字有效。 签订合同的时候需要在这个合同中的内容盖上章印，然后也需要双方进行签字的，但也有可能会出现合同只有盖章没有双方的签字，当事人采用书面形式订立合同的，自双方当事人签字或者盖章时合同成立。依法成立的合同，自成立时生效。根据相关法律的规定，一般合同的生效只需具备签字或盖章中的一项即可。
工程合同逾期付款是违约行为，可以和对方进行协商解决。施工合同承担违约责任的方法还可以继续按照合同进行履行义务，或者通过一系列的补救措施来承担违约责任。同时也可以通过索取违约金和赔偿金的方式来承担违约责任，违约金的支付标准需要根据合同的约定进行。
工程合同延期不能超过三个月。 建设单位应当自领取施工许可证之日起三个月内开工，因故不能按期开工的，应自当向发证机关申请延期；延期以两次为限，每次不超过三个月。既不开工又不申请延期或者超过延期时限的，施工许可证自行废止。所以建设工程也不能无限延期，如果施工许可证超出法律、法规的规定而废止，应当重新申请或者办理相关的手续后才能继续进行。
在工程合同中诉讼时效是三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护；有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
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