两违建筑拆除程序是：城乡规划、建设管理等部门对举报或发现的违法建筑进行调查，立案进行核实。向违法建筑的产权人或使用人发出拆除通知书，要求其限期拆除违法建筑，到期后产权人或使用人未按通知书要求自行拆除违法建筑的，相关部门可以采取强制拆除措施。
