处理运输纠纷一般有四种途径，即当事人自行协商解决。调解。仲裁和诉讼。
如果运输合同是与被挂靠单位签订的，货物由挂靠人运输的，产生运输合同纠纷时，可以追究挂靠单位的责任。
运输合同纠纷可以：（1）当事人自行协商解决；（2）申请人民调解委员会或者其他第三方机构调解；（3）根据仲裁条款或者仲裁协议申请仲裁；（4）向有管辖权的法院提起诉讼来解决。
运输合同纠纷运费损失是否应该支持要看情况。如果由于不可抗力、货物本身的自然性质或者合理损耗以及托运人、收货人的过错造成的，可以支持；如果是承运人自身的过错的，不予支持。
运输合同纠纷运费损失是否应该支持要看情况。如果由于不可抗力、货物本身的自然性质或者合理损耗以及托运人、收货人的过错造成的，可以支持；如果是承运人自身的过错的，不予支持。承运人对运输过程中货物的毁损、灭失承担赔偿责任。但是，承运人证明货物的毁损、灭失是因不可抗力、货物本身的自然性质或者合理损耗以及托运人、收货人的过错造成的，不承担赔偿责任。
运输合同纠纷按以下流程起诉： 1、首先确定运输合同纠纷的管辖法院； 2、准备好起诉状和相关的证据材料； 3、携带准备好的材料去人民法院立案庭立案； 4、等待法院通知。 诉讼程序包括：起诉、立案、审理、判决，以及公开宣判。
因铁路、公路、水上、航空运输和联合运输合同纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院管辖。运输合同是承适人将旅客或者货物从起运地点运输到约定地点，旅客、托运人或者收货人支付票款或者运输费用的合同。
船舶运输合同纠纷由被告住所地或者合同履行的人民法院管辖。 民事案件起诉有以下四个程序： 1、准备好民事诉讼状。 2、到具有管辖权的人民法院起诉，并提交相关的证据材料。 3、按照人民法院的通知准时出席参与诉讼活动。 4、若不服一审判决或裁定，应在接到判决书后15天内或接到裁定书后10天内向原审人民法院或上一级人民法院提出上诉，并递交上诉状。
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