在不违反法律的情况下是合法的。 首先，法律既要维护劳动者的合法权益，又要考虑保障企业和雇主进行正常、有效的劳动管理和企业管理，维护企业和雇主的合法权益。法律对维护职工合法权益和提高企业管理效益二者都要兼顾； 其次，劳动者肆意迟到等行为应属于违反劳动纪律，用人单位应当有权在规章制度或企业奖惩制度中，对此类行为进行一定的处罚，以实现双方的权利义务平等。 如果用人单位有关员工迟到扣工资的规定符合这三个条件的情况下制定是不违法的。 1、一是要经职工讨论。 2、二是公示或者告知职工。 3、三是不得违反法律法规的规定。
不定时工作制是针对因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，无法按照标准工作时间衡量或需要机动作业的劳动者所采用的工时制度。不定时工作制设定的立法目的就是因为工作性质无法正常考勤所采工时制度，因此用人单位不能以迟到、早退为由与劳动者解除劳动关系。
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