你父亲去世后，首先要明确你父亲的遗产有哪些，如你所述：有两套房产，存款40万元，因你父亲还有配偶，所以房产，存款你父亲继母各占50%，你父亲的部分如没有遗嘱，按法定继承继承。其次需明确你父亲的第一顺序继承人，按法律规定第一顺序继承人有配偶、子女、父母，你父亲的第一顺序继承人有你继母和你，继承权男女平等，所以你父亲的遗产你继母和你各继承50%。你们签订的协议是你们真实意思的表示，没有违反法律的强制性规定，应为合法有效。