快递公司在运输中，损坏了快件，责任是快递公司。根据《国家邮电管理条例》有关规定，快递公司损坏用户的邮件，应该按照物质标价的3倍赔偿。一般快递单上都有一个价格栏，不过一般的客户很少填写，所以价格的认定比较麻烦。在快递公司承接快递业务时，所填写的表格其实就是一份服务合约，因此，快递公司理当进行赔偿。