《出生医学证明》因遗失、被盗等情况要求补发的，可向原签发机构所在地县（区）级卫生行政部门提出补发申请，填写《出生医学证明》补发申请表。原签发机构确认情况属实后，出具新生儿分娩信息及原《出生医学证明》的存根复印件，由卫生行政部门或指定单位予以补发。
具体程序为：申请补发时应提交如《出生医学证明》补发申请表、签发机构新生儿分娩信息及原《出生医学证明》存根复印件、父母有效身份证件、在当地市级以上报纸刊登《出生医学证明》丢失声明。未落户的新生儿，需提供父母双方户籍所在地公安局户籍机关出具的该新生儿未落户证明。已经办理户口登记手续后遗失的，只补发《出生医学证明》正文，副页和存根粘贴在《出生医学证明》补发申请表上与相关证明资料，登记永久保存。