宅基地上的房屋首先要区分出争议的该农村房屋是家庭共同财产还是夫妻共同财产。如果是家庭共有财产，则应先进行分家析产，确定出属于夫妻共同所有的房产份额。
然后可以参照一般房产分割的原则进行，如果出售只能出售给同村的村民。
1、夫妻双方可以先协商确定房屋占有人，以及房屋补偿等。协商不成，可以由法院进行分割。法院会遵循夫妻共同财产的分割原则进行分割。
2、如果该房屋属于个人婚前财产，则房屋归一方所有。
3、如果一方因婚前建房而产生的债务是用婚后共同财产偿还的，那么得到房产的一方应按偿还债务总额的一半给另一方相应的补偿。