不能自动解除婚姻关系，我国并没有婚姻关系自动解除的制度。双方分居满两年的情形下，也并不是自动解除婚姻关系，而是由法院判决离婚。
根据我国《婚姻法》规定，离婚有两种情形，第一种是协议离婚，即男女双方自愿离婚并到民政部门办理离婚手续，第二种是诉讼离婚，即男女双方就是否离婚或财产的分割、债务的分担、子女的抚养等问题无法达成一致意见而向人民法院起诉，人民法院经过审理后，通过调解或判决解除婚姻关系。可见，我国并没有婚姻关系自动解除的制度。
我国《婚姻法》对于分居也是有要求的，要求是夫妻双方因感情不和而分居，在司法实践中，法院认定的分居通常是指因夫妻感情不和，双方分开居住，且互不履行夫妻之间的义务，并不是因任何事（比如工作）分居法院都会判决离婚。