亲子鉴定的合法程序对于因移民、公证、户口、诉讼需要进行亲子鉴定的，需要携带当事人身份证或户口本或出生证前往司法鉴定机构办理相关委托手续。对于个人怀疑亲子关系的当事人，可自带样本(如血痕、带根毛发、口腔拭子等)办理委托手续，可以不提供个人证件，进行匿名鉴定。
做亲子鉴定需要按以下程序办理：被鉴定人应由母-子-可疑父亲组成成年被鉴定人均应自愿同意鉴定，14岁以上的青少年应适当争求其对鉴定的意见被鉴定人出示身份证(或工作证)、孩子出生证(或户口)等证明身份及其相互关系的证件出具由法院、检察院、公安部门或律师事物所签发的亲子鉴定委托书，注明父母和孩子的姓名、地址、身份证以及申请原因等按照司法亲子鉴定的有关规定，一家三口往往要抽取一定数量的血液。受理程序首先需要签订委托协议，风险提示单，采集当事人血样，并进行相应的影像学记录。缴纳鉴定费用，并约定报告领取方式。
当一方不同意怎样合法做亲子鉴定，我国目前的法律对亲子鉴定还是个空白。实践中法院倾向性的做法是：若双方当事人都同意做亲子鉴定，法院应予准许若一方提出要求而另一方不同意，或子女较大(一般指超过3岁)，法院则应从严掌握。你若拒绝做亲子鉴定，法院不应采取强制措施。若你丈夫能提供足够的证据或法院从其它途径查明小孩确实非你和丈夫所生，那你丈夫可以向你追索小孩以前的抚养费，并可拒绝承担离婚后的抚养费。
《新婚姻法解释三全文》第二条夫妻一方向人民法院起诉请求确认亲子关系不存在，并已提供必要证据予以证明，另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院可以推定请求确认亲子关系不存在一方的主张成立。
当事人一方起诉请求确认亲子关系，并提供必要证据予以证明，另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院可以推定请求确认亲子关系一方的主张成立。