工程质量案件涉及诉讼时效应注意的操作问题主要有：
1、工程质量缺陷不适用“出售质量不合格的商品未声明的”一年的短期时效，而适用一般诉讼时效三年。
2、施工过程中出现的地基基础、主体结构以及竣工验收各阶段的施工质量缺陷争议，其诉讼时效自阶段质量验收发现缺陷或者阶段质量验收未通过时起算如质量缺陷争议已委托鉴定的，自鉴定单位出具鉴定意见后二年。
3、工程交付使用后，发包人主张承包人的工程保修责任，诉讼时效根据工程不同部位的最低保修年限而定：工程一般部位即一般土建、装修和管道工程的保修责任，诉讼时效为合同约定的不少于2年的保修年限后3年工程重要部位即有防水要求的屋面、墙面、卫生间的保修责任，诉讼时效为合同约定的不少于5年的保修年限后3年工程主要部位即地基基础和主体结构的保修责任，诉讼时效根据工程设计的不同结构形式而定：农村的砖木结构为不少于设计年限30年后3年城市的砖和混凝土结构为不少于设计年限50年后3年城市的钢筋混凝土结构为不少于设计年限70年后3年城市的钢结构房屋为不少于设计年限100年后3年。