（一）投放危险物质罪与以投毒为手段的行为如何认定
不论在何种场合投毒，投毒行为的具体指向如何，只要行为人明知自己的投毒行为会引起不特定多人或者不特定多禽畜中毒伤亡，并且希望或者放任这种结果发生，就应以投放危险物质罪论处。
如果投毒行为只是指向特定的个人、特定个人家庭饲养的禽畜、承包的鱼塘等，并有意识地将损害结果限制在这个局部范围内，不足以危害公共安全的，不应定投放危险物质罪。
（二）投放危险物质罪既遂与未遂如何认定
本条增加了投毒这种行为方式。对投毒行为直接适用本条之规定。故只要行为人实施的投毒行为危害了公共安全，即便尚未造成严重后果，也构成投放危险物质罪的既遂。
（三）投放危险物质罪与环境污染行为如何认定
环境污染，是指工厂、企业、事业和科研单位违反《中华人民共和国环境保护法》的规定，任意排放超过国家规定标准的有害物质，严重污染环境，危害人民健康，破坏自然资源，在规定的期限内能治理而不治理的行为。这种行为的危害后果，有时虽与投放危险物质罪相似，但行为产生的原因和表现形式，与投放危险物质罪是不同的。
（四）投放危险物质罪与危险物品肇事罪如何认定
如果行为人违反毒害性物品管理规定，也可能造成人身伤亡的严重后果。但这种罪是在生产、储存、运输、使用中发生的重大事故，且只能由过失构成；而投放危险物质罪则不受这个范围的限制，在主观上表现为故意。