1、罪与非罪的界限
（1）强奸罪与通奸行为
在男女发生性行为前，既不违背妇女意志，又无勉强女方变范的行为，双方从内心到外部表现形式完全自愿，属典型的通奸行为。即使事后，因被揭穿，女方为保住自己的脸面而告男方强奸，或因女方事后反悔而告男方强奸，均不能定强奸罪。
2、既遂与未遂的界限
中国司法实践中是以“插入”为认定标准的，即男子的生殖器插入到女子的体内为犯罪既遂。至于是否射精与既遂未遂无关。但有一个特例，如果强奸的是幼女，则以“接触”为认定标准，即男子的生殖器与幼女的生殖器接触就算犯罪既遂。
3、丈夫强奸妻子的司法认定
所谓婚内强奸，是指丈夫违背妻子意志以暴力、胁迫或者其他手段强行与之发生性关系的行为。婚内强奸这一现象在现实生活中并不陌生，法理上也一直存在着争议。中国刑法原则上将在法定婚姻关系存续期间丈夫违背妻子的意愿、强行发生性关系的行为排除在强奸之外，造成伤害后果或者有虐待等其他严重情节的，可以以其他罪如故意伤害罪、虐待罪等论处。