非法持有毒品罪与运输毒品罪的区别有：
1.持有毒品行为人的主观方面无法证明是非法持有毒品罪成立的必要条件，也是和运输毒品罪区别的重要标志。非法持有毒品罪是运输毒品罪的补充罪名，只有行为人不以进行运输毒品犯罪为目的或者作为运输毒品犯罪的延续而存在时，才能以非法持有毒品罪定罪处罚。
2.非法持有毒品罪，是指非法持有毒品的行为。运输毒品罪侵犯的客体是国家对毒品的管理制度和人民的生命健康。由于鸦片、海洛因、甲基苯丙胺等麻醉药品和精神药品既有医用价值，又能使人形成瘾癖，使人体产生依赖性。
法律依据：
《刑法》第三百四十八条非法持有毒品罪
非法持有鸦片一千克以上、海洛因或者甲基苯丙胺五十克以上或者其他毒品数量大的，处七年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金;非法持有鸦片二百克以上不满一千克、海洛因或者甲基苯丙胺十克以上不满五十克或者其他毒品数量较大的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金;情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
第三百五十条
违反国家规定，非法生产、买卖、运输醋酸酐、乙醚、三氯甲烷或者其他用于制造毒品的原料、配剂，或者携带上述物品进出境，情节较重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金;情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金;情节特别严重的，处七年以上有期徒刑，并处罚金或者没收财产。明知他人制造毒品而为其生产、买卖、运输前款规定的物品的，以制造毒品罪的共犯论处。
单位犯前两款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前两款的规定处罚。