如果工伤申请老板不配合，工伤认定后还需进行劳动能力等级鉴定，建议你及时申请鉴定。老板拒不承担相关费用，你可以对用人单位提起劳动仲裁及相关诉讼，确认与用人单位存在劳动关系后进行工伤认定。并根据工伤等级要求其赔偿，如医药费、停工留薪工资、一次性伤残补助金等。及未签劳动合同一年内，超过一个月不满一年每个月双倍工资。如涉及未支付加班费、未足额缴纳社保的情况也可一并要求赔偿。
简单的说就是你和单位协商处理，协商不成可以搜集证据，去劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。