公司不配合可以自己申请的，也可以通过仲裁劳动关系确认；
公司双方配合不是必经程序，不影响工伤职工申请工伤认定受理。
申请工伤所需材料：
1、工伤认定申请表；
2、身份证复印件；
3、医院诊断证明或职业病诊断证明；
4、工商企业登记档案资料；
5、用个单位与劳动者存在劳动关系的证明（如：
劳动合同、厂牌、工卡、证人证词、出入证、罚款单、警告信等）；
6、工伤事故报告书；
7、上下班途中发生交通事故，需提交交通事故认定书、路线图、房东证明及身份证复印件、邻居证明及复印件。
法律依据
《工伤保险条例》第十七条 职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。
用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
按照本条第一款规定应当由省级社会保险行政部门进行工伤认定的事项，根据属地原则由用人单位所在地的设区的市级社会保险行政部门办理。
用人单位未在本条第一款规定的时限内提交工伤认定申请，在此期间发生符合本条例规定的工伤待遇等有关费用由该用人单位负担。
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