依据相关法律的规定，劳动监督部门对复印的协议经调查后确有事实的，是认可复印件效力的，可以作为证据使用的。《劳动保障监察条例》第十五条：劳动保障行政部门实施劳动保障监察，有权采取下列调查、检查措施：
(一)进入用人单位的劳动场所进行检查;
(二)就调查、检查事项询问有关人员;
(三)要求用人单位提供与调查、检查事项相关的文件资料，并作出解释和说明，必要时可以发出调查询问书;
(四)采取记录、录音、录像、照像或者复制等方式收集有关情况和资料;
(五)委托会计师事务所对用人单位工资支付、缴纳社会保险费的情况进行审计;
(六)法律、法规规定可以由劳动保障行政部门采取的其他调查、检查措施。劳动保障行政部门对事实清楚、证据确凿、可以当场处理的违反劳动保障法律、法规或者规章的行为有权当场予以纠正。