农村交的300元养老保险和公司交的医疗保险没有冲突。
在公司参保缴纳社保，不应该只是单独为你们缴纳医疗保险，建议你咨询公司办理社保人员，为你们参保了哪些险种，正常情况下，应该有为你们参保缴纳养老保险的。
如果公司有为你们参保缴纳养老保险，那就与你的新型农村养老保险有冲突，重复缴费了，建议你暂停缴费新型农村养老保险，保留在公司参保缴纳社保，将来帐户合并，不影响你的累计缴费年限。