第一是存在法律效力风险。“小产权房”买卖合同的效力一般认定无效为原则。但也区分不同情况：对于发生在本乡范围内农村集体经济组织成员之间的农村房屋买卖，该房屋买卖合同认定有效。对于将房屋出售给本乡以外的人员的，如果取得有关组织和部门批准的，可以认定合同有效。对于将房屋出售给本乡以外的人员，未经有关组织和部门批准，如果合同尚未实际履行或者购房人尚未实际居住使用该房屋的，该合同应作无效处理。
第二，房产转让风险。“小产权房”拿不到正式的房产证，因此并不构成真正法律意义上的产权。即小产权房只有使用权，没有所有权。
第三，政策风险。购买在建小产权房时，购房人与开发商签订合同并交付房款后，如果相关部门整顿乡产权房的建设项目，可导致部分项目停建甚至被强迫拆除。