公司处理债务纠纷的方式是：
1、协商和解，债权债务当事人在自愿互谅的基础上，直接进行协商或邀请第三人从中斡旋，解决纠纷；
2、协商不成的，可向所在地的人民调解委员会提出书面调解申请；
3、调解不成的，可以提起仲裁；
4、仲裁无法解决的，可以收集相关证据向法院提起诉讼。【法律依据】根据《公司法》第六十三条，一人有限责任公司的股东不能证明公司财产独立于股东自己的财产的，应当对公司债务承担连带责任。