夫妻双方婚后以共同财产出资以双方名义在一家或者多家公司持有不同的股权份额，在没有夫妻财产特别约定的情况下，属于双方共同所有。

夫妻双方在婚姻存续期间的生产、经营收益属于夫妻共同财产，虽然双方分别持有某公司的股权份额，份额大小不一，但这并不代表双方以股权登记的方式对于夫妻共同财产作出了特别约定。

如果要对共同财产作特别约定必须要有明确的意思表示，双方要签订婚后财产协议书，如果没有特别约定，即便工商登记不同的股权份额，但是因其投资额来源于婚后，经营收益也属于双方婚后所得，应为共同所有，离婚时应当进行平等分割，即一人一半。

【法律依据】

最高人民法院关于适用《中华人民共和国婚姻法》若干问题的解释（二）第十五条，夫妻双方分割共同财产中的股票、债券、投资基金份额等有价证券以及未上市股份有限公司股份时，协商不成或者按市价分配有困难的，人民法院可以根据数量按比例分配。