工程纠纷应先协商，协商不成的，应向法院起诉。

可以去工程所在地或被告所在地人民法院起诉，管辖法院应该是区或者县人民法院。

拖欠工程款属于民事纠纷，清欠办只负责农民工工资，所以应该在应付工程款之日起三年内到法院起诉。

凭借欠条可以直接起诉建设单位，但是应当尽可能提供施工合同，竣工结算文件。