员工住宿费是可以根据用途的不同用于抵扣的，除了以下情况不得抵扣其他情况可以抵扣；

住宿费为公司接待客户，开票方不论纳税人规模，即便认证相符也不得进行抵扣；

住宿费为公司组织员工旅游，开票方不论纳税人规模，即便认证相符也不得进行抵扣；

其次，开票方的纳税人规模不同抵扣率也有所不同，具体如下：

住宿费为员工出差，开票方为小规模纳税人，其增值税专用发票抵扣率为3%；

住宿费为员工出差，开票方为一般纳税人，其增值税专用发票抵扣率为6%。