南京儿童医保报销流程如下：学生儿童住院治疗或进行特殊病种门诊治疗的，就医时由个人先交付预交金，发生的医疗费用由定点医疗机构记账。

结算时，按规定应由大病医疗保险基金支付部分，由定点医疗机构与社会保险经办机构进行结算，其余医疗费用由个人与定点医疗机构进行结算。

少儿社保可以为小朋友提供最基本的医疗保障。虽然赔付比例和最高给付数不如商业保险。但是它也有两大优点。

一、可以对门诊医疗费用进行理赔：门诊费用支出时发生比较频繁的，但是商业保险一般对疾病门诊不承担保险责任；

(也有除外，比如：昆仑健康保险公司的健康宝少儿保险提供特殊疾病的门诊费用报销)。

二、可以对先天性疾病和既往症提供保障：有些孩子可能先天性的带有一些疾病，对这部分的治疗费用，商业保险为了控制风险也不提供保障服务。

少儿社会医疗保险的价格也比较低，建议家长先给孩子投保一份，再用商业险进行补充和完善。

【法律依据】

《社会保险法》第二十九条规定，参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。 社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。