营业执照国税登记超时，由税务机关责令限期改正并处以罚款，依据如下：

从事生产、经营的纳税人领取营业执照(含临时营业执照)的，应当自领取营业执照之日起30日内申报办理税务登记，税务机关核发税务登记证及副本。

法律依据：

《中华人民共和国税收征收管理法》第六十条

纳税人有下列行为之一的，由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款；情节严重的，处二千元以上一万元以下的罚款；未按照规定的期限申报办理税务登记、变更或者注销登记的；纳税人不办理税务登记的，由税务机关责令限期改正；逾期不改正的，经税务机关提请，由工商行政管理机关吊销其营业执照。