小区人防工程停车位是合法的。尽管人防工程产权应归国家所有，但并不影响投资人的使用收益权的行使，并不违背市场经济法治中谁投资、谁受益的损益相抵私法精神。

根据《人民防空法》第五条规定：国家鼓励、支持企业事业组织、社会团体和个人，通过多种途径，投资进行人民防空工程建设;人民防空工程平时由投资者使用管理，收益归投资者所有。

因此，经人防机关批准，人防工程投资者可以就利用人防工程建成的地下车库进行经营管理并取得收益。