按照相关规定，校车中巴车超载50%，司机扣6分罚款500元的处罚。

根据《道路交通安全法》第92条规定，公路客运车辆载客超过额定乘员的，处200元以上500元以下罚款；

超过额定乘员20%或者违反规定载货的，处500元以上2000元以下罚款。货运机动车超过核定载质量的，处200元以上500元以下罚款；

超过核定载质量30%或者违反规定载客的，处500元以上2000元以下罚款。有前两款行为的，由公安机关交通管理部门扣留机动车至违法状态消除。