工程款结算的问题有：

(一)国家政策有变客观上使工程款结算不能正常进行。

(二)项目不能按时建设客观上影响工程款的正常结算。

【法律依据】

《建设工程价款结算暂行办法》第七条，发包人、承包人应当在合同条款中对涉及工程价款结算的下列事项进行约定：

（一）预付工程款的数额、支付时限及抵扣方式；

（二）工程进度款的支付方式、数额及时限；

（三）工程施工中发生变更时，工程价款的调整方法、索赔方式、时限要求及金额支付方式；

（四）发生工程价款纠纷的解决方法；

（五）约定承担风险的范围及幅度以及超出约定范围和幅度的调整办法；

（六）工程竣工价款的结算与支付方式、数额及时限；

（七）工程质量保证（保修）金的数额、预扣方式及时限；

（八）安全措施和意外伤害保险费用；

（九）工期提前或延后的奖惩办法；

（十）与履行合同、支付价款相关的担保事项。