员工擅自离职应该有工资但是劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。

【法律依据】

《工资支付暂行规定》第九条规定，用人单位应当按劳动者出勤结清工资。

《员工擅自离职劳动合同法》第九十条，劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。