员工不愿意加班不可以扣工资。

加班是建立在用人单位与劳动者协商基础上的，用人单位不得强迫员工加班，如果单位因员工拒绝加班而扣工资的，劳动者可以向劳动行政部门举报。

《劳动法》第四十一条：用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时。