有瑕疵病历做司法鉴定是无效的，根据民事诉讼法的规定，人民法院应当依照法定程序全面、客观地审查、核实证据。证据的真实性。合法性和关联性的认定属于法院鉴定证据属性的法定义务。

【法律依据】

《医疗事故技术鉴定暂行办法》第四十三条，医学会应当将专家鉴定组成员签名的鉴定结论、由专家鉴定组组长签发的医疗事故技术鉴定书文稿和复印或者复制的有关病历资料等存档，保存期限不得少于20年。